2008年10月，在總統馬英九執政後，教育部直接擱置了國文科與歷史科課綱，組成專案小組，進行課綱調整，引發各界關注。11月25日，鄭瑞城發函公告，98課綱暫緩一年實施，改稱99課綱。在99課綱中，歷史與國2012年7月，國民黨中常委邱毅中常會建議應該刪除高中歷史教科書中皇民化、臺獨化等不宜的內容，臺灣與中國史應合併稱為本國史，獲馬英九認同，認為這是符合憲法的既定國策。之後專案小組完成國文科與歷史科課綱修改，對外公布，於2013年實施，稱為101課綱文兩科，採用95暫綱，其餘科目則與98課綱相同。在2013年中，教育部以進行「錯字勘誤、內容補正及符合憲法之檢核」為由，組成檢核小組，進行針對高中國文與社會科課綱的微調，經檢核小組改寫過的課綱，經十二年國教小組表決後通過，教育部於2014年2月10日正式公布「微調」後的課綱，預定於2015年實施，又稱104課綱。

針對課綱微調的資訊不透明、程序草率與內容爭議，台灣人權促進會提出強烈質疑和抗議，並就教育部未公開提供課綱調整過程的資訊，於訴願遭行政院駁回後向臺北高等行政法院提起訴訟。一審高等行政院判決教育部敗訴，應提供所謂檢核小組的成員名單，在抗議聲浪不斷與法院敗訴的情形下，教育部依然強推，並表示這份被調整過的課綱所編寫的教科書將在2015年8月開始使用，引發全國譁然。