台權會成立於台灣仍處於威權時期的1984年，那是一個台灣人民還對白色恐怖記憶鮮明的年代，而黨外運動正透過政治選舉、政論雜誌衝撞國民黨威權體制。因此台權會剛成立的第一個十年，是以救援政治犯作為首要目標，包括突破黑名單、爭取人民返鄉權、並致力於打開言論自由與集會結社自由的空間。同時也極結合後美麗島政治民主化運動，爭取解除戒嚴令。並以人權教育的方式，向社會推廣政府不得任意逮捕、反酷刑、要求建立公平審判制度、廢除死刑。

即使1987年台灣正式解嚴，但整個政治體制與社會氛圍，並未因此馬上轉型成較符合民主政治的制度，直到2000年台灣首次政黨輪替後，「轉型正義」的呼聲與訴求才不斷被討論，但「轉型正義」的政治工程並未因此破土，過去的人權加害者仍不被追究責任，台灣要到民進黨第二次政黨輪替後，「轉型正義」的進展才被正式納入政府體制的政治議程，但最終是否能夠被落實，仍有待更多民間的監督、倡議、與檢驗。

台權會在「轉型正義」議題的倡議工作，除了早期的努力之外，我們也積極透過兩公約的國家報告審查機制，要求政府公佈政治檔案落實真相權、要求政府修正國安法第九條，讓白色恐怖時期的政治受難者可以獲得司法平反的機會，除此之外，我們也協助相關的個案，如二二八受難者遺族青山惠昭先生的平反與賠償案勝訴。