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12/25台北市長即將就職。而「公開透明」是柯市長最引起為傲，經常掛在嘴邊的重要原則。但是柯市長從2014年的選舉延燒至今的「無心跳器官捐贈」爭議，尤其是柯文哲等醫師於2000年之後所發表的以葉克膜進行器官移植的期刊論文、博士論文及出版的葉克膜使用手冊，至今相關資料皆不公開也不透明，不論是柯文哲還是台大醫院或衛生福利部，皆未實質回答大家提出的質疑。
台灣人權促進會等團體於11月15日發出公文，向柯文哲、臺大醫院、衛生福利部提出七大問題，提問包括：「葉克膜一共曾用在多少個器官捐贈者身上？」「是否曾為了保存捐贈者器官的目的，在病患心跳自然停止（也還未認定腦死）之前，就注射一些無益於治療也無助於緩解病患痛苦的藥物？」「這些藥物中是否包括抗凝血與血管擴張的藥物？此等藥物的使用有無可能誘發顱內出血或使血壓過度下降，而加速病患的死亡？」「葉克膜，是在病患心跳停止前，還是心跳停止後，連接上病患？葉克膜開啟前，是否以氣球導管阻塞通往心臟的血管，並關閉心電圖，避免心臟在葉克膜開啟後，心電圖上出現心臟再次跳動的現象？」「器官移植前到場相驗的檢察官是否知道病患心跳停止有可能與人為注射藥物有關？檢察官是否知道ECMO開啟前，即以氣球導管阻止血液回流心臟？」「是否有清楚告知捐贈者家屬上述所有醫療行為？」至今僅收到台大醫院的回應，表示相關資料皆已經提供給衛福部，而不做任何回應。公文發出至今已超過一個月，相關部會及當事人應該盡速回應公民團體提問。
台灣人權促進會副會長邱文聰表示，人權團體正是希望透過這些最基本的關於事實的釐清，來理解當時的做法是否有疑義，作為所有醫療機構的主管機關，衛福部也有義務針對這些爭議，調查清楚並確認責任，否則針對這樣的爭議事件，卻疏於管理問責，衛福部本身也有失職。然而，在衛生福利部2015年1月27日的「國立臺灣大學醫學院附設醫院執行無心跳器官捐贈事件調查報告」中，僅提出一些原則方向，就如同衛福部2017年所公布的「心臟停止死亡後器官捐贈作業指引」，開放無心跳器捐，但禁止葉克膜使用，且須明確死亡不可逆，但衛福部作為主管機關，卻沒有針對這些具體捐贈案例，有事實釐清或作出相關懲處開罰。
受試者保護協會，也針對柯文哲等醫師於2000年此種新醫療技術的做法，詢問衛福部，台大醫院當時是否有通過「人體試驗倫理委員會」的審查，至今，亦未收到衛福部回文。對此受試者保護協會創會理事長，郭英調醫師表示，「醫師照顧病患時所施行的各種檢查及治療行為，是法律上所特許的工作。當醫師想在病患身上試行新的治療方法時，雖然動機或許是良善的，但卻讓病患暴露在不確定的風險中。醫療法中稱為人體試驗，人體試驗是要先經衛福部核准，才能進行。國際上由於有許多不顧病人權益和不道德的人體試驗陸續被揭發，如日本在中國東北的731部隊，德國在猶太人身上進行之試驗外，美國總統Clinton，在1997年五月為美國政府進行不人道的Tuskeegee Trial而公開道歉。國際上對人體試驗的要求，已形成要先經人體試驗委員會(美國稱為IRB)核准才能進行的共識。國內各大醫院也都建立人體試驗委員會的審查機制。柯市長於87年至94年期間執行無心跳器官捐贈並發表期刊論文（Clinical Transplantation 2000：14：152-156），依據醫療法及國際慣例，應先經人體試驗委員會核准才能進行。柯市長應清楚說明是否有經人體試驗委員會核准才進行?台大醫院人體試驗委員會應出面說明，是否曾核准此案? 若有核准，爭議這麼大的研究案，核准的理由是什麼? 希望不要成為另一件國際知名的研究醜聞。」
而針對台灣大學劉靜怡教授向台大醫院申請「資訊公開」，要求提供台大醫院裡進行「無心跳器捐」的次數、日期以及用於相關研究以及相應倫理審查的次數與時間，並遭拒絕後，委任鄧思文律師提起行政訴訟，依「政府資訊公開法」請求提供這些數字，日前才剛宣判。鄧律師表示，訴訟過程中，台大的答辯理由除了無進行統計之外，另一個理由是因為原告這邊無法特定是哪幾次器捐，所以就算台大仍有病歷，也找不到病歷的檔案號碼。但是，根據衛生署委託的報告，卻提及了26例，如果台大醫院沒有統計，那麼26例到底是如何算出來的？無心跳器捐涉及捐贈者的死亡與受贈者的生存，台大醫院作為台灣的龍頭醫院，卻完全不知道醫院裡面進行器捐的次數及日期，這種在管理狀況令人難以置信。此訴訟日前的宣判結果，行政法院要求台大醫院應提供柯文哲、陳益祥自1988年9月1日起至2013 年12月31日止「進行無心跳器官捐贈摘取之次數及各次日期」資訊之書面資料予原告。
而這幾次的器捐問題，到底有無爭議或違法，根據財團法人器官捐贈移植登錄中心業於2014年12月22日舉辦的「器官捐贈及移植年度檢討會議」，針對「無心跳器官捐贈作業相關議題」，提出以下建議：（一）無心跳器官捐贈過程使用 ECMO 之目的，係為維持病人後續器官捐贈之器官品質，非醫療目的。藥物處置部分，針對外界疑慮，部分專家認為並不會加速死亡或導致未死之人死亡。建議處置應在確保病人之死亡已不可逆，並取得家屬同意後為之， 較能杜絕爭議。（二）針對潛在無心跳器官捐贈者之死亡判定，應更加嚴謹，如確保死亡已不可逆等。
台灣守護民主平台理事徐偉群老師表示，如果無法確定用這樣的方式而進行的「器官捐贈者」，當事人是否為瀕臨死亡且已經放棄急救的患者，如果也沒有辦法確知醫事人員是否有清楚告知家屬，醫師是打算用這樣的方式進行器捐，並取得當事人或家屬同意，的確會產生是否有可能構成「刑法」殺人罪的疑慮。提供器官捐贈者，只要他尚未腦死，尚未心跳停止，就是一個人，我們不可以把他僅視為「提供器捐」的「物」，因為這裡面還牽涉到撤除維生系統。即使是「安寧緩和條例」所允許的，也都是基於解除病患痛苦，基於維護他的人性尊嚴，所做的措施，因此，我們對待「提供器捐者」的態度，也應該基於這些原則，而不能凌駕於法律。
然而，在衛生福利部2015年1月27日的「國立臺灣大學醫學院附設醫院執行無心跳器官捐贈事件調查報告」中卻皆無針對上述重點議題，進行事實釐清，僅指出「臺大醫院執行無心跳器官捐贈使用 ECMO以提升捐贈器官品質，亦衍生出諸如：無心跳器官捐贈者條件、死亡定義、醫病雙方信任關係、社會接受度等之醫學倫理爭議，經該院於民國 97 年召開倫理委員會後，已決議暫停執行此項作業。」
這份「調查報告」指出：「醫院為維持器官的良好狀態而針對無心跳器捐者，在判定死亡後進行醫療處置，醫院對捐贈者家屬有告知義務。」及「若未詳細告知捐贈者家屬足夠的訊息而進行醫療處置，則違反醫學倫理之尊重自主原則;若刻意使用藥物或醫 療器材或設備，阻絕捐贈者心跳回復，則違反醫學倫理之 不傷害原則;捐贈者若屬無法判定腦死，且依靠維生系統者，再利用醫療手法讓人誤認死亡，予以摘除器官，則違反醫學倫理之正義原則，即違反尊重人的權利。」
但讀完通篇報告，卻仍未能得知台大醫院究竟是否有對於家屬進行清楚告知，而僅表示「與會人員一致認為，臺灣醫療倫理制度行之有年， 且醫師對於病人死亡之判定，係屬高度專業行為，醫師之養成教育過程均須接受嚴格之心肺死亡判定訓練，非以草率行之， 故針對本案死亡判定結果，仍應尊重當時為死亡判定之醫師的專業判斷與決定。」如果一切都尊重當時醫師判斷，那又何須要進行「調查」呢？
在歷次質疑中，柯文哲也都無正面回應，僅透過競選團隊表示，「葉克膜是拿來救護垂危性命的人，跟器官移植無關。」問題是根據柯文哲等醫師2000所發表的「無心跳器捐」論文，葉克膜的確是用來做器官移植，而非要救護垂危性命。柯文哲等醫師論文，台灣人權促進會也已經製作成簡要圖文說明。
人權公約施行監督聯盟召集人黃嵩立表示，就政府機關來說，每個行為都要確保不能侵害人權，每個行為都要接受人權標準的檢驗。這些人權責任，雖然每個人都要遵守，但是在政府中享有權力者，更有特殊責任。權力越大，責任就越大。因此，公民團體屢次要求柯市長說明解釋，然而，數年來卻得不到柯市長的正面回應，他總是避重就輕，不肯直接回應我們提出的問題。我們懷疑，以柯市長這種態度，他有何能力維護台北市民和其他人的人權？他上任之後「臺北市人權保障諮詢委員會」只公布一次（2015年3月27 日第31次會議）紀錄，之後就不再有會議記錄。柯市長對自身的人權爭議之輕忽，也反應在他對公務處理上的失職。柯文哲醫師曾多次應邀到中國講授ECMO的運用。我們請柯市長說明，他傳授的是ECMO用於救治病人的傳統用途，或者是他洋洋自得的創舉，將ECMO用於保存將用於移植的器官，卻同時可能損害了器捐者人權的新用途？
在目前器官移植需求量供不應求的情況下，我們自然可以理解醫界跟需求方都希望擴大供給來源。但是提供器官捐贈者的生命，也同樣應被尊重，其整個醫療介入的過程，也同樣應該符合所有法令及醫學倫理的審查。台灣人權促進會、台灣守護民主平台、人權公約施行監督聯盟、受試者保護協會，再度呼籲柯文哲、衛福部、台大醫院，秉持公開透明原則、正面回應提問，並釐清爭議，不要帶頭掩飾任何不符合醫學倫理的作為。
