早年痲瘋病被誤認為無藥可治、且高傳染病的瘟疫。政府強制病患進駐樂生，幾乎就註定老死其內，可能為原創研究院方對於院內病患懷孕的態度，也是採取強制墮胎的手段，導致墮胎失敗產下的下一代，有身心障礙的問題。1994年，台北市政府捷運工程局選定樂生療養院為新莊機廠預定地。2001年，樂生療養院行文台北縣政府，希望鑑定樂生療養院歷史價值。2002年3月18日，捷運工程局以有償撥用之方式，自行政院衛生署樂生療養院取得其中0294-00212地號之土地。2003年，捷運工程第一波拆除。2004年2月，「青年樂生聯盟」成立。2005年3月19日，「樂生保留自救會」成立。11月18日，樂生保留自救會法案組成立；台灣人權促進會等聲援者組織【漢生人權立法推動聯盟】；開始在立法院推動「台灣漢生人權保障條例草案」立法運動。11月21日，院民與樂生青年聯盟於總統府前靜坐抗議。12月9日，樂生保留自救會、漢生人權立法聯盟草擬《台灣漢生病友人權保障條例草案》，獲得台聯、國民黨、親民黨三黨團支持提案，正式送進立法院程序委員會。2007年4月15日，樂生保留自救會等上百個台灣民間組織共同發起415保留樂生大遊行。2008年7月18日，立法院三讀通過《漢生人權保障及補償條例》，為繼二二八、白色恐怖補償條例後，立法院所通過的第三部人權法案。法案重點：政府承認過往對漢生病患的忽視與傷害，公開道歉並制定補償辦法。2015年1月26日，樂生保留自救會和青年樂生聯盟前往台北市府抗議，指出柯文哲上任已滿周月，應盡快兌現選前說要研究樂生方案的承諾。青年樂生聯盟指出，機廠施工選在脆弱地質上，樂生療養院中的「主恩舍」因機廠施工牆壁裂、輕鋼架傾斜，不宜再施工，籲北市府停工。