台權會早年在台灣還沒有司改、冤案團體或法扶機構出現時，協助了不少軍中人權及冤案，最著名的就是蘇建和等三人案，蘇建和也在2003年第一次無罪宣判後，來到台權會工作多年，透過這些冤案，也促成了許多刑事訴訟法的修法，包括偵訊時時應全程錄音錄影、與證人的交抽詰問等。這些冤案的救援通常歷經十幾二十年，救援大隊也不斷舉辦相關活動，以維持社會關注度。而目前也已經有冤獄平反協會及司法改革基金會，專門關注司改議題及冤案救援。