洪仲丘案讓國軍蒙羞，總統道歉，部長下台，還不知如何收拾。如果洪案一開始就交由地檢署偵辦、由普通法院審理，恐怕社會大眾的憤怒不至如滔天巨浪。由司法體系來進行偵審，而非軍方自己人審理自己人，不僅可以取信於公眾，且對受審軍人的權益也較有保障。
事實上，許多國家都沒有軍事法院，如奧地利、丹麥、荷蘭和瑞典。更不要說歷經納粹慘痛教訓的德國，即便憲法允許軍事法院建制，但從二戰結束後迄今從未設置。沒有軍事法院，在兩德分裂時期，一點都不妨礙德意志聯邦國防軍的運作。
兩德統一後，對於德軍海外參戰，也毫無影響。可見軍事法院之存廢，和國防沒有太大關聯。
軍事法院最大問題，在於軍人以服從為天職，但法官必須審判獨立，這兩種要求同時出現在軍法官身上，產生致命的衝突。
立法院目前召開臨時會，在洪案的影響下，朝野均提出軍事審判法的修正案。據報載，兩黨提出的法案都以區分戰時、平時為基礎，讓平時的案件回歸普通法院審理，僅限戰時軍人所犯案件由軍事審判機關處理。然而，即便是戰時，軍法官所行使者仍應為司法權。更何況，即便戰時也不能讓司法的程序正義打折扣。
然而，目前各地軍事法院的設置，軍事審判官的任用考銓，均隸屬國防部。國防部僅是行政院下轄的一個部會，要說這樣的軍事法院屬於司法權的一環，可以審判獨立，恐怕是昧於現實。
抑有進者，現行戒嚴法規定，一旦宣布戒嚴，凡內亂、外患、妨害秩序、公共危險等十種罪名及各種特別刑法之罪，都要交給軍事審判。白色恐怖時期，無論雷震或美麗島大審，都是由軍事法院開庭審理，速審速決，草菅人命，殷鑑不遠。如果還繼續保留軍事法院，未來只會讓濫權政客用來肅清國內政治異議分子。
事實上，台灣地狹人稠，一縣市一法院甚至數法院，凡有軍人犯法，交由地檢署偵辦，地方法院審理，並無困難。廢除軍事法院後，軍法人員可以轉作訴訟輔導或提供部隊法律諮詢。如果能通過國家司法官考試，也可以轉任司法官。普通法院的法官在適用軍事特別刑法上，應該也不至於有太大問題。未來也不會再有「事實審在軍事法院，法律審在最高法院」的矛盾出現。
要還給軍人清白，要維護軍人權益，正本清源之道，就在於全面回歸司法。立法院若不掌握此一時機，一舉解決長久困擾我國的軍、司法二元制，無論怎麼修改，軍事審判制度都走不出死胡同。
